こないだ調査したんですが、モンスターを999匹倒したあとにアイテムを落としてもちゃんと図鑑に落としたアイテムが表示されました。
裏技のところに表示されないと書いてあったので一応報告させていただきます。
詳しくは、ねこまどうをアイテムを落とさせずに999匹倒し、そしてしばらく倒し続け、やっと「ひのきのぼう」を落としました。
図鑑を見てみるとちゃんと表示されていました。
ちなみにROMのバージョンは初回版です。発売日に買ったものなので。
いろんなバージョンが出ているかはわかりませんが、少なくとも、発売日に買ったものなら、図鑑に載らないということはないとおもいます☆