王座の間にも行けてさざなみの剣も入手できたのですが、どうしてもボスに会うことができません。どのようにすれば会えるのか、どなたか教えてください。

>王座の間にも行けてさざなみの剣も入手できたのですが、どうしてもボスに会うことができません。どのようにすれば会えるのか、どなたか教えてください。

どこでどんな風に詰まっているのか、もう少し詳しく書いて欲しい・・・。
多分ツボを投げて進むフロアで、左隅の階段から宝箱までは行けたんですね。
そこで行き詰まりになってしまったという事？

そのそばに下の階に行く階段がありますよ。水路から上れるハシゴあり。
フロアの右上にあるハシゴから下りてください。
途中邪魔な橋は降ろしておいてね。その下の階もちょっと頭を使います。
・・・こんな説明でおわかりでしょうか。

さざなみの剣を入手するフロアまでは、とりあえず壷を投げて橋を架けてればそんなに考えなくても進めます。
ですが、その先のフロアになるとちょっと考えないといけません。
まずは視点を変えながら、次に行きたい場所なり階段なりを探してください。
そして、その場所に行くためにはどうすればよいのかを考えることです。
水の上下と橋の上下を考慮して、逆から考える（到達したい場所から現在の地点へ戻ること）と案外簡単ですよ。
文章では難しくきこえますが・・・画面とにらめっこして頑張ってみてください。

>王座の間にも行けてさざなみの剣も入手できたのですが、どうしてもボスに会うことができません。どのようにすれば会えるのか、どなたか教えてください。

ツボを遠くまで投げて、橋を上げ下げしながら進んでいくフロアでは、
まず、フロアの左のほうにあるレバーを動かして、水をひかせないと
次のフロアには進めません。　
水をひかせて一段下の通路を進んで行ってください。